O protagonista da história é Nyaruko, uma divindade sem forma chamada de Cthulhu, e que pode assumir qualquer forma que desejar. Apesar do nome, Nyaruko não parece muito assustador, de fato, entre as muitas formas disponíveis para ele, os deuses parecem preferir a aparência de uma garota normal, bonita, com cabelos de prata. Assim Nyaruko encontrará Mahiro Yasaka, um estudante perseguido por alienígenas, ajudando-o na sua fuga desesperada.