Em 2008, o governo japonês começou a caçar pessoas que se identificam como otaku em um esforço para proteger a cultura do país. Em apenas uma semana, a agência de fiscalização conhecida como SSC capturou quase todos os otaku à força e confiscou seus souvenirs. Um homem apaixonado que se autodenomina Otaku Hero se recusa a permitir que esta agência faça o que bem entender: ele levanta um exército de resistência composto por outros geeks deslocados que se unem para ajudar a defender sua cultura. Três anos depois, o fogo da rebelião diminui quando toda a esperança parece perdida para os otakus. Estimulado por sua aliada, a garota mágica Anarchy, Otaku Hero comanda a resistência em um esforço para reunir Anarchy com as outras duas outras garotas mágicas: Blue e Pink. Ao combinar o poder desse trio, a resistência pode derrotar o SSC e salvar a cultura otaku para todos.