Alguns anos após os eventos de "X-Men - O Confronto Final", Wolverine (Hugh Jackman) ver-se-á em território japonês onde, pela primeira vez na sua longa existência, se sentirá vulnerável. Porém, será essa mesma vulnerabilidade que lhe revelará o amor e o obrigará a lutar pela sua própria vida, o que o vai tornar ainda mais determinado e perigoso. Agora, para poder vencer os seus inimigos, o herói terá de usar tudo o que aprendeu até então e, em lutas corpo-a-corpo, eliminar todos os que regressaram decididos a destruí-lo.