Nas grandes nações shinobi, ninjas com limites especiais de linhagem desapareceram sem deixar rasto. Depois de sofrer ferimentos durante a investigação, Naruto e o restante do time Kakashi voltam para Konoha para se recuperarem, no entanto, pouco depois do retorno, uma aparição de um garoto aparece no céu. Seu nome é Hiruko - o cérebro por trás dos recentes desaparecimentos - e ele absorveu com sucesso quatro das grandes características da linhagem sanguínea em sua busca para ganhar força para iniciar uma quarta Grande Guerra Ninja. Hiruko agora precisa de apenas mais um jutsu para se tornar o ninja imortal final - e seu objetivo final é Kakashi!