A historia começa em um futuro distante em um ponto distante da galáxia. A Aliança Galáctica Humana tem constantemente lutado por sua sobrevivência contra seres chamados de Hideous. Durante uma batalha intensa, o jovem tenente Red e sua arma humanoide Chamber caem em uma distorção do tempo e espaço. Após acordar de sua hibernação induzida, Red percebe que está na Terra, um planeta que está completamente inundado pelos oceanos e a sua população precisa viver em grande navios. Sem conhecimento nenhum sobre a história ou a cultura do lugar, Red precisa viver em Gargantia com uma mensageira de 15 anos e tentar se acostumar com dias de paz.