Главный герой «Тёмный демон Момогэн» — мальчик, который любит оружие, Итиносэ Сики. Однажды, когда ему пришлось уйти из школы из-за драки, на него напал таинственный человек, состоящий в «Организации Момотаро». На пути к спасению вместе со своим отцом, он узнаёт, что его преследователь унаследовал кровь Момотаро, о котором сочиняли сказки, а также услышал некую тайну о себе. Судьба Сики начинает сильно меняться. Это история нового поколения тёмных героев.