Zwei Jahre nach ihrem Verschwinden leben Jason Bourne und Marie Kreutz im Ausland untergetaucht, wobei Jason immer noch lebhafte Rückblenden auf seine Zeit als CIA-Attentäter erlebt. Immer noch verfolgt von der Regierungsbehörde, die ihn ausgebildet hat, versuchen seine ehemaligen Betreuer, Bourne in einem neuen globalen Katz-und-Maus-Spiel aus dem Schatten zu locken.