In naher Zukunft steht die Menschheit durch den Angriff der "Gastrea" kurz vor dem Aussterben. Zwischen Verzweiflung und Kriminalität leben sie in kleinen Bezirken, die über ganz Japan verteilt sind. Rentaro, Schüler der 2. Klasse der Magata High School und Mitglied der "Civil Security", kämpft zusammen mit seinen Freunden gegen die bestehende Gefahr. Eines Tages erhalten sie von der Regierung eine geheime Mission, die besagt, dass ihre Heimatstadt Tokio kurz vor der Zerstörung steht. Nun ist es die Aufgabe der Civil Security, diese Pläne zu vereiteln.