New York City wird vom schwerwiegendsten Terroranschlag seit dem 11. September 2001 heimgesucht. Die frisch rekrutierte FBI-Mitarbeiterin Alex Parrish wird dabei in den Ruinen der Grand Central Station gefunden – und als Drahtzieherin für die Anschläge verantwortlich gemacht. Doch Alex ist unschuldig und Opfer einer Verschwörung. Auf ihrer Flucht versucht sie, die Wahrheit aufzudecken und den wahren Attentäter zu finden. In Flashbacks wird die Geschichte einer Gruppe von Trainees an der FBI-Akademie in Quantico, Virginia, erzählt, zu denen auch Alex Parrish gehört. Durch die Zeitsprünge zwischen der Ausbildung in der Vergangenheit und der Flucht in der Gegenwart werden die Herkunft, Motivation und Geheimnisse der Trainees Stück für Stück aufgedeckt. Eine(r) von ihnen ist tatsächlich für den Bombenanschlag auf die Grand Central Station verantwortlich. Nur wer?