Im Jahr 1931 regiert der Shogun Yoshinobu Tokugawa weiterhin als absoluter Herrscher über Japan. Überreste der Meiji-Zeit sind überall in der Stadt erkennbar, aber auch wissenschaftlicher Fortschritt hat sich dank der Energiequelle „Rūmyaku“ etabliert. Doch im Schatten hält sich der Systemgegner Kuchinawa bereit, der ein Attentat auf den Prinzen plant. Die Geheimorganisation Nue wurde damit beauftragt, diese auszumerzen. Sawa Yukimura, die für Nue arbeitet, sieht es als Möglichkeit, ihren Rachedurst an der Kuchinawa zu stillen, deren Anführer ihre gesamte Familie ermordet hat.