Auf dem Planeten Cybertron kämpfen Autobots und Decepticons um die kleinen aber mächtigen Transformers namens Minicons. Wer auch immer sie besitzt, hat die Macht, das gesamte Universum ins Chaos zu stürzen. Als alles Hoffnungslos erscheint, fliehen die Minicons von Cybertron und werden durch einen Unfall zu einer weit entfernten Welt namens Erde geschickt, auf der sie in einen Tiefschlaf fallen. Millionen Jahre später entdecken zwei Jungen das Raumschiff der Minicons, welches kurz darauf ein Notsignal nach Cybertron schickt und dadurch die Decepticons und Autobots auf ihre Spur führt. Der Krieg um die Minicons beginnt von Neuem, dieses Mal auf der Erde. Aber er erreicht auch den Planeten Cybertron, wo der Krieg in die entscheidende Phase geht...