Shinji despierta después de 14 años en el acorazado AAA Wunder propiedad de una organización anti-NERV, fundada por antiguos miembros NERV. Shinji escucha la voz de Rei desde el EVA Mark.09, enviado a rescatarlo, así que deja Wunder y va a NERV. Kaworu Nagisa muestra la tierra transformada a Shinji. Descubre que salvar a Rei desencadenó el Tercer Impacto Cercano que dañó terriblemente a la Tierra.