Una nueva amenaza se presenta en Japón, diversos jóvenes mutantes desaparecieron misteriosamente. Xavier no puede utilizar a Cerebro para localizarlos, por lo que decide reunir nuevamente a los X-Men, sin Scott, al comienzo. Finalmente, Wolverine y Storm logran convencerlo, y los cuatro juntos viajan a la isla asiática. Desde el capítulo 1 hasta el capítulo 12 la historia se situará en Japón, limitándose su estancia en la Mansión X solo a un par de episodios. Entre las amenazas que deben enfrentar se cuentan a los U-Men, el Círculo Interno del Hellfire Club y finalmente al hijo del Profesor X. Mantiene un hilo argumental adulto, o eso aspira, durante los 12 episodios que dura la serie.