En el año 20XX, tras un accidente nuclear, el gobierno japonés se ve obligado a trasladar su capital y evacuar Tokio. Sin embargo, a pesar de los esfuerzos, más del 90% de los ciudadanos de Tokio mueren debido a la exposición a la radiación, convirtiéndose en una ciudad fantasma. Dos décadas más tarde, una repentina señal de radio llevará a la implementación de la "Coppelion", una unidad de fuerzas especiales dentro de la Fuerza de Autodefensa.