En el año 2067, ocho años después de los eventos en Macross Frontier, una nueva enfermedad mortal, el "Síndrome Var", amenaza la galaxia. La Unidad de Sonido Táctico, "Walküre", bajo la protección de la Valkyrie "Delta Flight", se unen para combatir esta nueva amenaza. Durante un brote del Síndrome Var, la unidad Walkure es repentinamente atacada por el misterioso Equipo Valkyrie "Caballero Aéreo" del Reino del Viento, cuya motivación sigue siendo un misterio ...