Teniendo lugar en el año 1937 en vísperas de la Segunda Guerra Mundial, la historia involucra a una misteriosa organización de entrenamiento de espías conocida como la “Agencia D”. La organización es fundada por el teniente coronel Yuuki del ejército imperial japonés. Sus ideales lo llevan a reclutar personas fuera de graduados y personal de la academia militar, mientras los entrena para convertirse en agentes expertos en las artes de la manipulación. Estos agentes se convertirían en un equipo especializado para realizar operaciones. Uno de esos agentes antihéroes, bajo el nombre de Jirou Gamou, realiza una desgarradora misión para descubrir documentos secretos titulados “Notas negras”, mientras lucha contra fuerzas adversas desde dentro y fuera de sus propias filas.