A medida que el mundo se encuentra en medio de una revolución industrial, aparece un monstruo que no puede quedar sin efecto a menos que su corazón, que está protegida por una capa de hierro, se perfora. Mediante la infección de los seres humanos con su picadura, el monstruo puede crear criaturas agresivas y no-muertos conocidos como Kabane. En la isla Hinomoto, situada en el extremo oriente, la gente ha construido estaciones de refugio a sí mismos de estas criaturas. Las personas acceden a la estación, así como mercancías de transporte entre ellos, con la ayuda de un rodaje locomotora en vapor, llamado Hayajiro. Ikoma, un chico que vive en la estación Aragane y ayuda a construir Hayajiro, crea su propia arma llamada Tsuranukizutsu con el fin de derrotar a las criaturas. Un día, mientras espera la oportunidad de utilizar su arma, conoce a una chica llamada Mumei, que está exento de la inspección obligatoria Kabane.