Neku se despierta en medio del bullicioso Scramble Crossing de Shibuya sin recordar cómo llegó allí. Poco sabe él, ha sido transportado a un plano alternativo de existencia conocido como el Subterráneo. Ahora, un participante involuntario en el misterioso "Juego de los segadores", Neku debe asociarse con una chica llamada Shiki para sobrevivir...