La historia gira alrededor de Allen Walker, un exorcista. Allen es un miembro de la orden oscura, formado por exorcistas, conectados con el Vaticano. La misión de la Orden es detener al Conde del Milenio, espíritu necrófago maligno que se propone limpiar el mundo destruyendo a todos los seres humanos con sus armas llamadas "Akuma". Los exorcistas son personas especialmente dotadas con la capacidad de controlar y de utilizar la "Inocencia", una sustancia divina que es considerada como la voluntad cristalizada de Dios y usada para enfrentarse al Conde del Milenio tiempos atrás. Se dice que hay exactamente 109 trozos de Inocencia dispersadas alrededor del mundo, cada una con un poder único y un "huésped" único. Una vez que una Inocencia encuentre a su huésped o persona compatible, se desarrollará para convertirse en una arma para luchar contra los Akumas.