Clannad nos habla acerca Okazaki Tomoya, un estudiante de último año de secundaria, al cual la vida no le ha mostrado su mejor lado. Su familia solo la conforma él y su padre que es adicto al alcohol y al juego. De camino hacia la escuela conoce a Furukawa Nagisa y apartir de ese momento su vida cambia para mejor; conoce a más amigos los cuales cuentan sus problemas y Okazaki al darse cuenta que no solo el tiene problemas comienza a ayudarlos.