La historia comienza en el planeta Destiny, que se dice que es el centro del Universo, donde derminan todas las líneas del Galaxy Express Railways. El protagonista, Yuuki Manabu (de 20 años), siguiendo la voluntad de su difunto padre, se unió a la EDE (Ejército de Defensa Espacial) para asegurar la seguridad de Galaxy Railways. EDE, para mantener la reputación de mantener con precisión matemática los mejores horarios del Universo, tiene que superar accidentes, desastres naturales, operaciones de rescate, piratas espaciales a lo largo de todos los itinerarios.