Cinq ans avant le début de la série, une explosion massive libéra une quantité démesurée de nanites, mystérieux nanorobots, dans l’atmosphère, infectant progressivement la totalité des êtres vivants sur la planète. Ces nanites peuvent s'activer au hasard à l'intérieur du corps de leurs hôtes, transformant ces derniers en monstres référés sous le nom de E.V.O. Bien que certains EVO conservent leur intelligence, la majorité perdent tout contrôle et se changent en monstres ravageurs, causant d'immenses dégâts et mettant des vies en danger. Afin de lutter contre cette menace, une organisation du nom de Providence a été fondée. La série suit les aventures de Rex, un EVO amnésique de quinze ans travaillant pour Providence. Contrairement à la majorité des EVO, Rex ne possède aucune déformation physique et contrôle parfaitement ses nanites, lui permettant de produire divers armes et équipements bio-mécaniques depuis son propre corps. Plus important, il possède aussi la faculté de désactiver les nanites à l'intérieur du corps des autres EVO, les soignant ainsi de leur mutation.