Ethan Burke, l'un des meilleurs agents des Services Secrets du Bureau de Seattle, est envoyé en mission dans la charmante petite ville de Wayward Pines. Il doit enquêter sur la mystérieuse disparition de deux agents fédéraux : l'Agent Bill Evans et l'Agent Kate Hewson, son ancienne partenaire et surtout la femme qui a failli détruire son mariage. Alors qu'il s'approche de la ville, Ethan a un accident. A son réveil, ses souvenirs sont intacts mais il réalise qu'il n'a plus aucun moyen d'entrer en contact avec le monde extérieur. Son téléphone, son portefeuille, son argent et sa carte d'identité ont disparu et il commence à prendre conscience que la petite ville de Wayward Pines n'est pas aussi lisse et parfaite qu'il n'y paraît...