Dans un futur proche, après avoir été défaite par les Gastreas, des parasites viraux, l'humanité est contrainte de vivre dans un territoire restreint et vit dans la peur et les désespoir. Rentarou et Enju, membres de la Sécurité Civile chargée de lutter contre les parasites, se voient confiés une mission secrète de la plus haute importance : ils doivent empêcher la destruction de Tokyo.