Mitsuka Sōji est un lycéen de première année. Il y a une chose qui l'apprécie énormément : Les filles à couettes. Il rencontre un jour Toharle, une belle jeune fille venue d'un autre monde. Cette dernière lui offre le pouvoir de se transformer en un guerrier nommé Twin Red, devenant ainsi une fille lors de ses transformations. Afin de protéger la Terre de ses envahiseurs, notre héros va s'associer à Twin Blue, qui n'est autre que son amie d'enfance Tsube Aika...