En l'an 2067, huit ans après les évènements de la série Macross Frontier. L'histoire suit les Walküre, des pilotes de Valkyrie qui sont aussi de talentueuses chanteuses. Nous suivons également l'escadron Delta, d'autres pilotes de Valkyrie qui combattent le syndrôme Var, un virus mystérieux qui dévaste la galaxie. Ces deux groupes doivent également affronter les mystérieux Aerial Knigts, une équipe de pilotes originaires du Royaume du Vent.