L'histoire se déroule en novembre 2010, dans la ligne de l'univers Bêta, alors qu'Okabe Rintarou n'a pas réussi à "la" sauver, ce fameux 28 juillet et a fini par revenir seul. Cependant, Okabe ne sait pas que Kurisu est toujours là… Zero est une histoire annexe qui explore les événements de l'avenir de Bêta qui contribuent à rendre possible la fin de l'histoire originale.