À la vue de changements climatiques soudains, Ken Kitazawa se voit dans l'obligation d'utiliser l'agent chimique Z, un nouveau procédé de l'agent chimique X, afin de détruire un glacier géant. Une fois cela fait, des lumières noires et blanches s'échappèrent du glacier et s'éparpillèrent dans le ciel. C'est ainsi que trois fillettes ordinaires se font heurter par les lumières blanches et prennent désormais la défense du pays : Les Supers Nanas Zeta. Les lumières noires heurtent différents animaux et êtres humains créant ainsi des êtres aux pouvoirs maléfiques. C'est ainsi que les Supers Nanas Zeta, Belle, Bulle et Rebelle feront désormais régner l'ordre et la justice.