Une rumeur circule dans l'Académie Fuuka: des monstres apparaîtraient et les seules personnes succeptibles de s'en débarrasser seraient des jeunes filles appelées HiME (Highly-advanced Materializing Equipment). Elles ont des capacités spéciales et peuvent invoquer leur "Child". Mai a été transférée dans cette académie avec son petit frère sans même soupçonner l'existence de cette rumeur. Toutefois, elle s'apercevra rapidement qu'elle est elle-même une HiME...