Nagisa Misumi et Honoka Yukishiro sont deux collégiennes. Si Nagisa est plutôt sportive, Honoka est, quant à elle, plutôt studieuse. Un soir, Nagisa voit par la fenètre des centaines d'étoiles filantes dans le ciel. Elle fait un vœu et se retrouve en possession d'un petit appareil appelé "Compact" dans lequel se trouve une petite créature, Mepple. Mepple incite Nagisa à partir à la recherche de la princesse Mipple, Nagisa se retrouve alors face à Pisard, qui semble en vouloir à Mepple. Honoka est également présente. Les jeunes filles sont acculées et n'ont pas le choix, elles doivent devenir des Pretty Cure pour pouvoir affronter Pisard. Nagisa devient Black Cure, et Honoka, White Cure. Leurs combats ne font que commencer...