La storia si incentra su Mikoto Misaka, una studentessa della scuola media Tokiwadai, ma anche Esper di Livello 5 al terzo posto assoluto della graduatoria di quelli presenti nella Città Accademia. Nonostante non cerchi affatto di cacciarsi nei guai, finisce spesso invischiata nelle attività del "Judgment", un corpo di studenti volontari deputato a mantenere ordine e disciplina nella città, assieme alla sue amiche Saten, Uiharu e alla sua affezionatissima compagna di stanza Kuroko, entrando anche in contatto con il lato più oscuro della città.