WORKING!! è ambientato in un ristorante chiamato Wagnaria, situato nella prefettura di Hokkaido. Il sedicenne liceale Sōta Takanashi un giorno incontra Popura Taneshima, una diciassettenne carina e bassa di statura che sta cercando un cameriere che lavori part-time per il Wagnaria. Sōta, che adora tutto ciò che è piccolo e carino, accetta la proposta di Popura e inizia a lavorare come cameriere. Oltre a loro nello staff del locale, a gestire le consumazioni dei clienti, ci sono altri dipendenti in qualche modo particolari, misteriosi e stravaganti. Poco a poco Sōta si rende conto che forse ha per compagni di lavoro delle persone molto pericolose.