Hanasaku Iroha ruota intorno alla storia di Ohana Matsumae, una ragazza di sedici anni che vive a Tokyo e che viene affidata a sua nonna in seguito alla fuga d'amore di sua madre insieme al suo fidanzato. Una volta arrivata alla residenza di campagna di sua nonna, Ohana scopre però che l'edificio è in realtà una pensione del periodo Taishō chiamata Kissuisō. Sotto richiesta della nonna, la ragazza inizia quindi a lavorare per la Kissuisō, ma le cose non vanno proprio per il verso giusto in quanto molti rapporti con i dipendenti e clienti cominciano col piede sbagliato. Pur essendosi scoraggiata in un primo momento, Ohana decide successivamente di riprendersi e sfruttare l'occasione per migliorare se stessa, ponendosi come obiettivi sia il lavorare con impegno che il tentare di andare d'accordo con il resto del personale.