Cresciuto come un membro di un'élite di alto rango dopo i due anni, un ragazzo di nome Shion vive in una zona esclusiva al della città No.6. Nella notte del suo dodicesimo compleanno, si salva un ragazzo di nome Nezumi (che significa topo). Nezumi scappata dalla Zona Speciale di Sicurezza della città. Da quel momento, la vita Shion cambierà per sempre.