La storia di Fate/Kaleid Liner Prisma Illya è ambientata nello stesso universo dello Stay Night e ne riprende vari personaggi. Protagonista è la piccola Illyasviel “Illya” von Einzbern, che qui diventa una “Mahou Shoujo” acquisendo poteri dal Magical Stick Ruby per poi trovarsi in mezzo a una contesa tra Rin Tohsaka e Luvia.