1000 anni fa la misteriosa razza aliena nota come “Gauna” ha distrutto il sistema solare e ora gli umani sopravvissuti risiedono stabilmente all’interno di enormi navi spaziali. Nagate Tanikaze vive nei sotterranei della Sidonia, fino al giorno in cui, salito in superficie mentre è alla ricerca di cibo, viene arruolato nell’accademia per piloti di Guardiani, unità robotiche costruite con lo scopo di fronteggiare i Gauna…