Nell'universo di Charlotte, una piccola percentuale di bambini manifesta dei superpoteri una volta raggiunta la pubertà. Yuu Otosaka, un ragazzo che risveglia l'abilità di possedere temporaneamente gli altri, spera di usare il suo potere per trascorrere le sue giornate scolastiche in tutta tranquillità. Tuttavia, dopo essere stato scoperto dalla misteriosa Nao Tomori, Yuu è costretto a trasferirsi all'accademia Hoshinoumi, dove lui e gli altri membri del consiglio studentesco avranno il compito di aiutare gli altri studenti dotati di abilità.