La serie si svolge a Den City, una città in cui da circa 10 anni è stata costruita una grande piattaforma di realtà virtuale denominata LINK VRAINS, la quale consente ai duellanti di separare le loro vite quotidiane da quelle di gioco, permettendo loro di assumere le sembianze di un avatar virtuale. Il liceale Yusaku Fujiki è un ragazzo a cui non piace tanto distinguersi, ma segretamente è un abilissimo hacker che, grazie al supporto di un altro hacker proprietario di un furgone che vende hot-dog, Cal Kolter, difende il LINK VRAINS da un gruppo terroristico chiamato i Cavalieri di Hanoi, il cui scopo è quello di impadronirsi di un'intelligenza artificiale denominata Ignis allo scopo di rintracciare un mondo nascosto nella rete, il Cyberso, e distruggerlo.