In un futuro non ben precisato il famoso ed un tempo rispettato scienziato Jung Zorndyke, ex membro di un gruppo di ricercatori facenti parte del progetto "blue" (che voleva realizzare un mondo migliore, più verde, partendo dalla trasformazione del circolo polare antartico in un paradiso terrestre) ha creato una moltitudine di specie nuove. Probabilmente sono un ibrido umano-animale di cui la maggior parte umano-pesce, ma vi sono anche animali con "armi" o ibridi come la nave fantasma che è metà una corazzata in stile Yamato e sotto una sorta di grande balena o pesce come suo scafo. Buona parte di queste creature ha l'intelligenza ed uno spiccato senso di sopravvivenza, nonché un profondo odio per gli uomini che per primi li hanno attaccati ed uccisi. Il protagonista è un membro di una spedizione di pace organizzata anni prima per parlamentare con Zorndyke (che nel frattempo ha sommerso buona parte della superficie terrestre, non viene mai specificato come), ma arrivati molto vicino alla loro meta ed al poter ammirare il "paradiso" da esso costruito, lui ed il suo compagno (che tornerà nella storia come ibrido umano-pesce per "fare da guida" e che scatena i flashback del protagonista sulla spedizione) sono attaccati senza motivo dalla nave fantasma. Nel frattempo la Blue Fleet (un'organizzazione nata dall'unione di tutte le forze armate rimaste) deve impedire il realizzarsi del nuovo piano "finale" di Zorndyke, che si scoprirà essere un meccanismo che invertirà i poli magnetici distruggendo la vita umana sulla terra definitivamente. Ha calcolato tutto se gli umani scaglieranno un attacco all'antartico sua casa con i missili atomici, il meccanismo che è collegato al suo cuore (nel petto ne ha uno artificiale) scatenerà il "pole shift", Hayami (il protagonista) ed in particolare al sottomarino Blu n. 6 (il pezzo migliore della flotta non a caso) dovranno riuscire a salvare il mondo.