Macross Zero è ambientata un anno prima degli eventi narrati nella prima serie di Macross, e mostra la battaglia finale che portò all'unificazione globale della Terra. In mezzo al conflitto, il giovane pilota Shin Kudo viene attaccato da uno strano jet nemico, il modernissimo SV-51α dell' organizzazione Anti-Unificazione, in grado di trasformarsi in un robot. Precipitato sull'isola Mayan, Shin viene soccorso da un pacifico popolo indigeno, che custodisce i resti di un alieno by wiki