Anno 2251. La Terra si è frantumata in milioni di blocchi galleggianti, che hanno preso il nome di Skyland. La Sfera è un'organizzazione che domina su quasi tutti i blocchi mantenendo uno stretto controllo sulla distribuzione dell'acqua, risorsa ormai rara e preziosa. Inoltre recluta con la forza tutti coloro che dimostrano di essere Seijin, persone dai poteri psichici che vengono addestrati come Guardiani. Nel blocco di Babylonia, abitano Mahad e Lena assieme alla loro madre, Mila, una Seijin un tempo al servizio della Sfera che disertò e si rifugiò in quel placido angolo di Skyland. Ma dopo molti anni Oslo, potente e spietato leader della Sfera, riesce ad individuarla. Accortasi del pericolo imminente Mila riesce a far scappare i suoi figli, ma viene catturata. Salvati da un gruppo di pirati della resistenza guidati da Cortes, i due ragazzi si uniscono a loro e insieme faranno di tutto per ritrovare la loro madre.