Toma Kamijo, uno sfortunato studente delle superiori, sembra non avere alcuna abilità ed è ritenuto un "level zero" (ossia un essere umano senza poteri), tuttavia il suo braccio destro possiede l'incredibile abilità di annullare i poteri degli altri esper, una capacità denominata "imagine breaker". Un giorno Toma si imbatte casualmente in Index, una piccola suora svenuta sul suo balcone. Index possiede la capacità di memorizzare informazioni permanentemente, e per questo la Chiesa Puritana Inglese le ha fatto immagazzinare i dati magici dell'Index Librorum Prohibitorum, successivamente andati perduti. Toma all'improvviso si ritroverà, suo malgrado, ad aiutare la ragazza a scappare dalla Chiesa Puritana, che la insegue nel timore che i dati segreti in lei contenuti possano essere diffusi.