La storia di Tayutama ruota attorno al protagonista maschile Yuri Mito, la cui famiglia gestisce il santuario shintoista locale. Un giorno, durante le vacanze di primavera, Yuri e i suoi amici Ameri Kawai e Sankurou Kaname trovano nei boschi della scuola una misteriosa reliquia che in passato è stata usata per sigillare i Tayutai, un'antica razza mitologica.