西暦２３００年代、地球の植民惑星ソロ星。そこに、伝説の無限力イデを求める異星人バッフ・クランの探索隊が接近していた。やがて、高官の娘カララがひとり先行してソロ星に降り立ったことをきっかけに、両者は交戦状態に入ってしまう。 　突然の異星人の攻撃にパニックに陥るソロ星の人々。そんな中、ソロ星の少年コスモや研究者シェリルらが乗った古代遺跡から発掘された巨大メカが意志を持つかのように動き出す。それが、伝説の巨神イデオンだった。 　母星を知られる恐怖から、さらに攻撃を続けるバッフ・クラン。混乱の中、もうひとつのメカが始動する。イデオンの母船ソロシップだった。 　こうして、バッフ・クランの追撃を逃れるため、ソロシップは宇宙へと逃亡の旅に出る。乗りこんだのは、イデオンのパイロット・コスモやカーシャ、リーダーのベス、そして異星人の女カララたちだった。 　旅は苦難に満ちていた。未知のエネルギー・イデによって動くイデオンとソロシップは、時に意のままにならない。だが、危機に陥ったときには、思いがけぬ力を発揮してバッフ・クランの撃滅する。その正体はなにか。それは伝説の無限力なのか。