第二次世界大戦中、ヒドラとの死闘により、キャプテン・アメリカは消息を絶った。彼の恋人でもあるエージェントのペギー・カーターは、共に戦い敵を倒したが、最愛の人を失った…。 時は1946年、ニューヨーク。戦友のハワード・スタークは、戦時中に敵国へ武器を販売した国家反逆罪の容疑で追われる身となっていた。カーターは、秘密諜報機関SSRにいたが、同僚の多くはカーターをキャプテン・アメリカのかつての世話役としてしか扱わず、雑用担当の女性として閑職に就かされていた。 一方、行方をくらましていたスタークが姿を現し、カーターに秘密の任務を依頼する。カーターは、スタークの執事ジャーヴィスの協力も得て、捜査を始めるが―。 シールド創設の秘密がついに明らかに！エージェント・カーターが活躍するスパイ・アクション・ドラマ！！