創聖紀００１１年の地球－－人類はその人口の２／３を失っていた。１１年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、１万２千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。一方、人類は反撃を期して伝説の兵器であるハイブリット戦闘機“ベクターマシン”を発掘した。ベクターマシンが合体することにより、“機械天使アクエリオン”が姿を現す。