--何だか酷く男が羨ましくなつてしまつた-- 暗い性格で友達もいなかった楠本頼子は、クラス一の秀才で美少女の柚木加菜子に突然「私たちは互いが互いの生まれ変わりなんだ」と声をかけられる。不思議な事ばかり言い、難しい文芸雑誌を読む加菜子に戸惑う頼子だが、互いに孤独だった2人は親交を深め、2人で最終電車に乗って湖を見に行こうと約束するが、加菜子は中央線武蔵小金井駅のホームから何者かに突き落とされ、列車に轢かれてしまう。 たまたま列車に乗り合わせていた刑事・木場修太郎は頼子と共に加奈子が運ばれた病院へ向かうが、そこで加奈子の姉と名乗る柚木陽子と出会うことになる。陽子の意志で、加菜子は謎の研究所に運ばれ、集中治療を受ける。 関口巽は稀代の新人小説家・久保竣公と出会う。そして雑誌記者・鳥口守彦と稀譚社社員・中禅寺敦子と共に、武蔵野連続美少女バラバラ殺人事件の取材中に道に迷い、とある「匣」のような建物と遭遇する。その建物こそ、加菜子が収容された研究所・美馬坂近代醫學研究所だった。 陽子の下に脅迫状が届き、多数の警官の詰める厳戒態勢の中で謎の失踪を遂げる加菜子。同じ頃、鳥口は新興宗教「穢れ封じ御筥様」の調査を行っており、関口の紹介で拝み屋京極堂に相談を持ちかける。 バラバラ殺人、加菜子の誘拐、匣に取り憑かれた人々、事件の裏に渦巻く「魍魎」とは何なのか。 そして、京極堂の過去の秘密とは。