ギルガメスとバララント、対立する星域同士によるアストラギウス銀河を真っ二つに分けた百年戦争の末期、キリコ・キュービィは謎の作戦に参加する。それは味方が守備する小惑星リドを襲撃するという、不条理な作戦であった。作戦中、謎の女を目撃したキリコは同僚に裏切られ、所属していたメルキア軍から追われる身となってしまう。 百年戦争の終戦後、キリコは流れ着いたウドの街で、謎の女と再会する。彼女の正体は、軍の最高機密“素体”であった。だが、完璧なる兵士“パーフェクトソルジャー”となるべく誕生した素体は、ひとりの女性としてキリコを愛するようになっていた。キリコは彼女にフィアナという名を与え、行動をともにする。キリコとフィアナ、一組の男女が戦いの果てに、数々の戦場をめぐる遍歴の末に、たどりつく地はいずこか──!?