어느날 츠와부키 다이야는 아빠와 함께 작은 배로 바다에 나갔다가 수평선 저쪽에서 타오르는 검은 연기를 보게 된다. 그리고 검은 연기 속에서 거대한 괴수가 출현하여 아빠와 다른 선원들은 바닷속으로 사라져 버리고 다이야에게도 위기가 닥쳐오지만, 바로 그 때 거대한 기계로 된 드래곤이 나타나 다이야를 구해 주게 된다. 그리고 5년 후... 지상에 다시 한 번 거대한 괴수가 출현했을 때, 이미 중학생이 된 다이야는 그 때의 그 거대한 기계용 '대공마룡'과 재회한다. 대공마룡의 머리 부분이 분리되면서 해골 모양을 기조로 한 수퍼로봇 가이킹이 그 모습을 드러내고, 다이야는 가이킹에 올라타 거대한 괴수를 물리친다! 이후 지상 세계를 노리는 적의 존재를 알게 된 다이야는 이세계 다리우스로 여행을 떠나 습격해 오는 거대괴수들을 물리쳐 나가지만, 그러는 와중에 점점 드러나는 이세계 다리우스 제국의 전모... 대공마룡 가이킹에 감춰진 비밀은? 그리고 5년 전에 행방불명이 된 부친 등 거대한 수수께끼가 조금씩 풀려가면서, 다이야는 동료들과 함께 한 사람의 어른으로 성장해 나간다. 1976년에 제작 방영되어 여러가지 의미로 세간을 놀래켰던 토에이의 로봇 애니메이션 '대공마룡 가이킹'이 2005년 11월, 근 30년만의 화려한 외출을 계획하고 있다. 1976년에 방영된 전작에 해당하는 '대공마룡 가이킹'은 주 메카인 대공마룡과 가이킹의 독특하기 그지없는 디자인으로 많은 화제를 모았던 작품인데, 워낙 오랜 세월이 흘러 이제는 그 디자인마저 70년대의 향수로 느껴질 정도이니 세월의 흐름을 적잖이 느낄 수 있다. 토에이 동화는 1974년 '마징가 Z' 이후 한 시대를 풍미했던 슈퍼로봇 애니메이