공룡제국과 백귀제국 그리고 인베이더들을 모두 물리친 겟타 팀. 그러나 평화는 오래가지 않았다. 인베이더들이 다시 부활하여 인류를 위협하고 있었기 때문이다. 그리고 사랑하는 딸 미치루를 잃은 사오토메 박사는 그 책임을 료마와 하야토에게 돌리고 겟타선을 이용하여 세계를 멸망시키려 한다. 료마와 하야토는 사오토메를 막으려 하지만 인베이더인 코웬과 스팅거의 농간으로 지구는 인베이더 천국이 되고 13년이 흐른다. 시간이 흘러 벤케이는 중년이 되고 그가 키운 겐키는 케이라는 소녀로 성장한다. 벤케이는 우연히 지상으로 나와 진 겟타로보를 발견한다. 고는 사오토메가 인베이더와 대항하기 위해 미치루의 유전자를 이용하여 만들어낸 신인류. 고와 케이 그리고 부상당한 벤케이를 대신해 가이가 진 겟타로보를 조종하게 된다. 인베이더들과 싸우던중 케이는 자신의 비밀을 알게되고 혼란에 빠지지만 모든 것을 부정하고 사오토메와 맞선다. 한편 지상 연합군의 사령관이된 하야토는 진 드래곤의 부활을 저지하려 애쓰지만 번번히 실패한다. 다행히도 진 드래곤은 더 이상의 진화를 멈추고 사라졌지만 아직 안심할 수 없는 처지. 인베이더들과 싸움이 치열해질 무렵, 13년 전 실종되었던 료마가 더욱 잔인하게 변하여 돌아온다. 진 드래곤과의 마지막 싸움에서 료마, 하야토, 벤케이 등 구 겟타 팀은 다시 모여 진 드래곤 안의 사오토메와 일전을 벌인다. 고전하던 겟타 팀은 의식을 잃은 고와 케이의 간절한 바램으로 사오토메를 쓰러뜨린다. 지구의 평화를 찾았다고 안심할때 우주의 인베이더들이 지구로 몰려온다. 지구 멸망의 위기에서 겟타팀은 사력을 다해 싸우고 진 드래곤과 하나